ในวันที่เข้ารับการรักษา ต้องมีการโกนผมผู้ป่วยเพื่อไม่ให้มีสิ่งกีดขวางคลื่นเสียงความถี่สูงไปยังสมอง หลังจากใช้ยาชาเฉพาะที่แล้ว จะมีการใส่โครงครอบศีรษะและแผ่นซิลิโคนเพื่อยึดกับอุปกรณ์ครอบศรีษะที่ปล่อยสัญญาณคลื่นเสียงความถี่สูงซึ่งจะมีน้ำไหลเวียนอยู่ภายใน

การรักษาจะใช้เวลาประมาณ 2-3 ชั่วโมง จะมีการใส่สายสวนปัสสาวะให้ผู้ป่วยซึ่งทำให้ไม่จำเป็นต้องเดินไปห้องน้ำเอง จะมีการตรวจวัดอัตราการเต้นของหัวใจ ความดันโลหิต และระดับออกซิเจนในเลือดตลอดเวลาของการรักษา

ขณะทำการรักษา ผู้ป่วยจะนอนอยู่บนเตียงภายในเครื่องสแกน MRI ส่วนทีมแพทย์ผู้รักษาจะอยู่ในห้องควบคุม โดยที่ผู้ป่วยยังรู้สึกตัวและสามารถสื่อสารกับแพทย์ได้ ศีรษะจะตั้งอยู่ในตำแหน่งที่พอดีภายในอุปกรณ์ครอบศรีษะที่ปล่อยสัญญาณคลื่นเสียงความถี่สูง อีกทั้งจะมีผ้าห่มคลุมตัวผู้ป่วยไว้เพื่อสร้างความอบอุ่น  ผู้ป่วยสามารถหยุดขั้นตอนการรักษาได้ตลอดเวลา  โดยการกดปุ่มหยุดฉุกเฉินที่แพทย์จะให้ผู้ป่วยถือไว้ตลอดการรักษา  หลังจากนั้นแพทย์จะทำการสแกนภาพ MRI เพื่อวางแผนการรักษา

ในขั้นตอนแรกแพทย์ผู้รักษาจะใช้พลังงานคลื่นเสียงความถี่สูงเพื่อระบุตำแหน่งที่ถูกต้องภายในสมองส่วนที่ต้องทำการรักษา จากนั้นจะใช้พลังงานคลื่นเสียงความถี่สูงที่มีความเข้มสูงเพื่อทำให้อุณหภูมิของตำแหน่งเป้าหมายเพิ่มขึ้นจนไปตัดทำลายวงจรเป็นบริเวณเล็กๆ ซึ่งทำให้เกิดผลลัพธ์ของการรักษาคือช่วยลดอาการสั่น

ในระหว่างการรักษาแพทย์จะขอให้ผู้ป่วยทำกิจกรรมต่างๆ เช่น วาดรูปวงกลม เพื่อประเมินว่า มีพัฒนาการจากการรักษาและมีผลข้างเคียงใดหรือไม่ แม้ว่าผู้ป่วยแต่ละรายจะมีผลการรักษาที่แตกต่างกันออกไป แต่ผู้ป่วยเองจะสังเกตได้ว่าอาการสั่นจะลดลงขณะทำการรักษา

เมื่อสิ้นสุดขั้นตอนดังกล่าว จะมีการสแกน MRI ครั้งสุดท้ายเพื่อประเมินผลการรักษา จากนั้นจะถอดอุปกรณ์ครอบศรีษะที่ปล่อยสัญญาณคลื่นเสียงความถี่สูงออกและนำผู้ป่วยกลับไปพักฟื้น
แพทย์ผู้ทำการรักษาจะแจ้งกำหนดการให้ออกจากโรงพยาบาลและกำหนดการนัดหมายเพื่อตรวจติดตามผล โดยทั่วไปแล้วผู้ป่วยจะกลับมาดำเนินชีวิตและทำกิจกรรมต่างๆ ได้ตามปกติภายในระยะเวลาไม่กี่วัน